解析環境

　MacのPCやLinux OSの共用計算サーバー上で、RやPython（Anaconda）のパッケージをインストールして使うことが多いです。

 

これまでに利用した解析ソフトウェア

・ニーズのありそうなものは解説を書くかもしれません。

・解析ソフト名 or パッケージ名: 解析内容

 

集団遺伝解析

・STRUCTURE: genetic structure

・ADMIXTURE: genetic structure

・TESS3: genetic structure

・NewHybrids: hybrid detection

・hybriddetective: hybrid detection

・GENEPOP: genetic diversity etc.

・GenAlEx: genetic diversity etc.

・FSTAT: inbreeding coefficients etc.

・diveRsity: genetic diversity etc.

・BayesAss: migration rate

・divMigrate: relative migration rate

・adegenet: PCA, DAPC

・HIest: genomic cline analysis

・introgress: genomic cline analysis

・ipyrad: SNP calling

・vcftools: SNP filtering

・PGDspider: file conversion

・plink: file conversion

・Admixtools2: f4 test 

・Dsuite: f4 test

 

系統解析・ネットワーク解析

・MEGA: NJ tree, genetic distance

・RAxML: ML tree

・IQ-TREE: ML tree

・SNAPP: BI tree

・MrBayes: BI tree

・Beast2: BI tree, divergence time estimation

・TreeMix: phylogenetic network

・SplitsTree: phylogenetic network

・snaq: phylogenetic network

・PopART: haplotype network